Invalidisäätiön hallinnosta vastaa hallitus ja ylintä päätäntävaltaa käyttää valtuuskunta. Siihen voivat nimetä edustajansa säätiön perustajajäsenet – Helsingin kaupunki, Invalidiliitto ry., Kansaneläkelaitos, sosiaali- ja terveysministeriö, Sotainvalidien Veljesliitto ry., Suomen Kuntaliitto, Tapaturmavakuutuslaitosten liitto, Valtiokonttori sekä Vammaisten lasten ja nuorten tukisäätiö – sekä lisäksi Helsingin yliopisto, Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiiri sekä opetusministeriö.